În anul 1514, când războiul țărănesc a lui Gheorghe Doja se răspândește...

...în aproape întreaga Transilvanie, țăranii din jurul Sighișoarei se strâng în jurul unui anumit Ioan Secuiul (nume românizat) (conform unor surse ar fi fost chiar fratele lui Gheorghe Doja) și îl omoară pe primarul Anton Polner și pe soția acestuia.

În anul 1601 cetatea este atacată și prădată de trupele conduse de generalul Basta, dar oamenii scapă cu viață din cauza plății unei răscumpărări de 50.000 de florini, "bani împrumutați", cum menționează cronicarul Krauss.

În anul 1603 2.000 de locuitori mor din cauza ciumei, iar în 1709 numărul victimelor este de 4.000. 

Între 1703-1711 are loc mișcarea anti-habsburgică din Ungaria și Transilvania. Curuții (anti-habsburgicii) - conduși în regiunea Târnavelor de Vasile Neagu și Bucur Câmpeanu - au atacat cetatea Sighișoara care era văzută ca fiind de partea lobonților (apărătorii imperiului habsburgic). După lupte grele, curuții își dau seama că nu pot ocupa cetatea, și se retrag.

Prin bătălia între trupele țariste intervenționiste și armata revoluționară ungară de pe câmpia dintre Sighișoara și Albești din 19/31 iulie 1849, Sighișoara a intrat în istoria luptelor revoluționare din sec. al XIX-lea. În această bătălie a murit, printre alții, poetul maghiar Sándor Petőfi.

În perioada interbelică a fost reședința județului Târnava Mare.